Prólogo
El capitán Vere reflexiona sobre los recuerdos y las experiencias vividas a bordo del Indomitable, y no puede evitar sentirse culpable por su actuación en el caso del joven Billy Budd.
Acto I
Una mañana muy temprano, cuando los marineros están fregando la cubierta del barco, el novicio tropieza accidentalmente con el oficial Bosun, que le condena a recibir veinte latigazos de Squeak, otro de los oficiales a bordo. Cuando Squeak se aleja con el novicio, llega un cúter con los nuevos reclutas para la armada inglesa. En realidad, los nuevos marineros han sido reclutados a la fuerza en un barco mercante cercano, y dos de ellos parecen sobrepasados por la situación. En cambio, Billy Budd, un hombre joven, fuerte y apuesto que impresiona a todo el mundo, incluso a Claggart, el maestro de armas, acoge su nueva vida sonriente y de manera entusiasta. Cuando se despide a voces de su antiguo barco, el Rights o’ Man (Derechos del Hombre), su aplomo llama la atención de Claggart, que lo califica como «un hallazgo de rey» o «una joya entre mil». No obstante, pensando que el nuevo marinero puede estar preparando un motín, Claggart pide a los oficiales de cubierta que le pongan las cosas difíciles a Billy Budd y, al mismo tiempo, ordena a Squeak, que acaba de regresar, que no le pierda de vista. Poco después, el novicio vuelve de recibir el castigo, casi incapaz de andar y ayudado por un amigo. Billy Budd, que tartamudea cuando está asustado, se sorprende por la crueldad del castigo, pero confía en que, si sigue las reglas, no correrá peligro. En la cabina del capitán Vere, este disfruta bebiendo con el teniente primero Redburn y el navegante Flint. Hablan de la amenaza creciente de un motín, especialmente después del levantamiento conocido como «el incidente Nore». Aunque Vere no tiene una certeza absoluta, piensa que ese incidente fue más una ficción que una realidad, y que se ha utilizado para divulgar las ideas revolucionarias francesas. Redburn y Flint, que siguen recelosos de Billy Budd, se marchan.
Vere se detiene un momento para disfrutar de las canciones que entonan sus hombres en cubierta. Poco después, el segundo teniente anuncia que han entrado en aguas enemigas. Sin que Vere lo sepa, los oficiales bajo cubierta tratan a Billy Budd con rudeza y se burlan de él. El oficial Dansker pide a Billy que le traiga tabaco y este le complace con gusto. Cuando Billy llega a su litera, encuentra a Squeak curioseando en sus pertenencias y derriba al oficial. Incapaz de superar su tartamudez, Billy Budd solo puede gritar. Claggart impide la pelea inminente y se queda con Billy. Después de enviar a Squeak arriba y de que Billy se marche, Claggart desvela su odio hacia Billy: está cegado por los celos y resuelto a ensombrecer el ánimo luminoso de Billy. Da órdenes al novicio, que haría lo que fuera para evitar un castigo, de sobornar a Billy para que se una al motín y se convierta en su líder. Cuando el novicio aborda a Billy por la noche, este queda estupefacto ante su petición. Una vez más se muestra incapaz de dar voz a su rabia, y saca al novicio a patadas de su habitación. Billy Budd le cuenta a Dansker lo que ha pasado. Aunque Billy cree que todo el mundo le aprecia, Dansker le advierte de que es Claggart quien está detrás de los hechos.
Acto II
Han pasado varios días y el barco está envuelto en una densa niebla. Claggart trata de convencer al capitan Vere de que hay riesgo de un motín a bordo. Su conversación se interrumpe al avistarse brevemente un barco enemigo. Dansker, Billy Bud y varios marineros más se ofrecen voluntarios para abordarlo, pero su petición es denegada porque su barco no puede mantener el ritmo del de su enemigo. Claggart retoma su conversación con el capitán Vere y le dice que cree que Billy Budd va a provocar un motín. Incluso muestra a Vere dos monedas de oro que afirma que son el pago de Billy Budd para reclutar seguidores. Vere sigue sin estar convencido, pero llama a Billy a su cabina para interrogarle de todos modos. Este llega impaciente con la impresión de que va a ser ascendido. Exultante, suplica al capitán el puesto de timonel. Vere no ve más que lealtad en Billy Budd y, con alegría, llama a Claggart para que aclare sus sospechas. Cuando llega, Claggart reitera la misma cruda mentira delante de Billy Budd, quien, de nuevo, es incapaz de expresar su ira. Reaccionando de modo instintivo, coge un martillo cercano y golpea a Claggart en la cabeza. Claggart cae al suelo muerto. Atónito, el Capitan Vere convoca inmediatamente un tribunal militar urgente. Billy jura su lealtad al Rey y al barco, de modo que los oficiales solicitan consejo a Vere. Pero, por haber sido testigo presencial, Vere no puede ayudarlos. Finalmente, el tribunal declara culpable a Billy Budd y le sentencia a muerte. Vere debe anunciar el veredicto a Billy, pero es incapaz de comprender por qué tiene que morir un hombre bueno por la muerte accidental de un hombre malvado. En su pequeña celda, encadenado a la pared y con las muñecas esposadas, Billy Budd recibe la visita de Dansker. Dansker le dice que ha organizado un motín para liberarle, pero Billy le pide que lo detenga de inmediato. Un motín solo traerá la muerte de más hombres, y no le salvará a él de su destino. Unas horas más tarde, antes de la caída de la tarde, Billy escucha la lectura de los artículos del código militar y de su sentencia. Con la soga alrededor del cuello, grita a Vere: «Dios le bendiga». Segundos después, el suelo desaparece bajo sus pies.
Epílogo
Tras recordar el sepelio de Billy Budd en el mar, Vere, que ahora es un anciano, se da cuenta de que el hombre bueno que él no supo salvar lo bendijo al final, segundos antes de que le fuera arrebatada la vida. Finalmente se da cuenta de que a través de la bendición de Billy Budd él ha encontrado la verdadera bondad y por fin puede estar en paz.
